いままでまったく気にしてなかったのですが、textopen関数で裏テキストを開くときにも、オプション［文字コードの自動判別］と［改行コードの自動判別］の設定が適用されるんですね。これはつまり、たとえばISO-2022-JPで記述されているHTMLファイルなどを裏テキストとして開いた場合、前述のオプションがオフになっていると正しくテキストを処理できないケースがあるということを意味します。
たちの悪いことに、このふたつのオプションはなぜかデフォルトではオフになってます（ほとんどの人がオンにしているとは思いますけど）。
裏テキストで文字列の検索をしたり、テキスト間でのカット＆ペーストをしている場合は、これが原因で意図しない結果になる可能性がありますね……。
これはちょっと自分のマクロを見直してみなければ（［文字コードの自動判別］がオフのときは、マクロに関してもシフトJIS以外のファイルの処理については動作を保障しない、という結論もありだと思いますが）。
もっとも、これの影響を受けるマクロはそんなに多くないと思います。